21世紀初，恐怖分子襲擊了基因實驗基地，特殊病毒流出基地。
受此影響，人類腦中與感知相關部分產(chǎn)生變異，可以看到幽靈和妖怪了。
人類將這些幽靈妖怪稱為"phantom(怪靈)"
這次事件前后出生的孩子們，其中有些人擁有特殊能力，可以與怪靈對抗。
防衛(wèi)省在全國數(shù)十個中小學校內(nèi)設置名為"腦功能異常對策室"的社團，
讓這些孩子解決怪靈帶來的問題。
赫塞亞學院高一學生一條晴彥擁有特殊能力，是社團的一員。
他的前輩川神舞，以及擁有"phantom eater(怪靈吞噬者)"綽號的特殊能力者和泉玲奈，以及"反怪靈要員"水無瀨小糸，
他們一同艱苦而快樂地投入了與怪靈的作戰(zhàn)中。
然后，總有一天，他們會明白這個世界的真相…
