《醫(yī)學(xué)源流論》共收集評論文章九十九篇。上卷為經(jīng)絡(luò)臟腑、脈、病、方藥，下卷則治法、書論（并各科）、古今。縱橫捭闔，觸及之處，每有新見，發(fā)前人之未發(fā)，言常人所不敢言，尤針砭時弊甚多，論述道理深湛。
此書頗多先進之論，例如作“治人必考其驗否論”，指斥“今之醫(yī)者，事事反此，惟記方數(shù)首，擇時尚之藥數(shù)種，不論何病何癥，總以此塞責(zé)，他認(rèn)為，“若醫(yī)者能以此法(效驗)自考，必成良醫(yī)；病家以此法考醫(yī)者，必不為庸醫(yī)之所誤?！笔穷H具‘實踐檢驗”為標(biāo)準(zhǔn)之義。種人痘法本非傳統(tǒng)，當(dāng)時推行尚多阻力，徐氏卻具真知灼見，指出有“九善”(九大好處)，作不遺余力之提倡。
