《空之軌跡SecondChapter》主要講述了艾絲蒂爾為了追尋約修亞的足跡，毅然踏上了新的旅程的故事。經(jīng)歷了前作的一系列事件而迅速成長的艾絲蒂爾、離開了艾絲蒂爾的約修亞，以及利貝爾王國的命運(yùn)以及在理查德政變事件的背后蠢蠢欲動(dòng)的神秘組織“噬身之蛇”的真身和前作遺留下來的諸多謎團(tuán)等等，都將在SC揭開。
地方都市洛連特出身的少女艾絲蒂爾，和像親兄弟一般的約修亞一起為了成為正游擊士，離開了故鄉(xiāng)踏上修行之旅。造訪利貝爾王國各地的艾絲蒂爾和約修亞，結(jié)識了形形色色的人物，遇到了各種離奇古怪的事件。原來這一切的背后隱藏了一個(gè)巔覆政權(quán)的巨大陰謀。在眾多朋友的幫助之下，艾絲蒂爾他們排除千難萬阻，終于成功阻止了動(dòng)搖利貝爾的政變陰謀，并且達(dá)成了成為正游擊士的夢想。但是就在女王的誕辰慶典當(dāng)夜，約修亞向艾絲蒂爾說明了自己的真實(shí)身份和過去。對艾絲蒂爾來說，這卻是愕然的事實(shí)。表明了自己的身世之后，約修亞從艾絲蒂爾身旁離去。留在艾絲蒂爾身邊的，只有約修亞的口琴。這時(shí)，在政變背后暗中活躍的謎之結(jié)社組織終于露出其真身，利貝爾全國再次掀起混亂的狂潮。 燃燒中的王都格蘭賽爾、迫近的巨大戰(zhàn)艦、被解封的“輝之環(huán)”、撲逆迷離的局勢，利貝爾王國面臨最大的危機(jī)。為了阻止結(jié)社的陰謀，為了尋回失去行蹤的約修亞，正游擊士艾絲蒂爾又再展開新的旅程。
