根據(jù)日本投降書，及1945年12月26日美英蘇莫斯科會議的授權(quán)，并征得中國同意，1946年1月19日，駐日盟軍最高統(tǒng)帥——麥克阿瑟公布了《設(shè)置遠(yuǎn)東國際軍事法庭的特別通告第一號》。宣布：根據(jù)盟國懲治戰(zhàn)犯的一系列共同宣言、波茨坦公告中懲辦戰(zhàn)犯的條款、及《日本投降書》，并經(jīng)盟國授權(quán)，發(fā)布命令：設(shè)立遠(yuǎn)東國際軍事法庭，審判日本戰(zhàn)犯。同日，還公布了《遠(yuǎn)東國際軍事法庭憲章》，規(guī)定：法庭將以破壞和平罪、反人類罪、和普通戰(zhàn)爭罪，控告日本戰(zhàn)爭罪犯。從1945年12月開始，美、英、中、蘇、法、菲、澳、新、荷、加、印度等十一個(gè)國家的法官和檢察官，陸續(xù)到達(dá)日本，參加審判。這十一個(gè)國家代表了占世界人口三分之二以上的人民，具有廣泛的代表性。
法庭的起訴是由國際檢察局承擔(dān)的。它由參加審判的美國、及其他國家的檢察官、及其助手組成。國際檢察局實(shí)行首席檢察官負(fù)責(zé)制。美國檢察官——約瑟夫·季南被麥克阿瑟任命為首席檢察官，代表參加審判的十一個(gè)國家，負(fù)責(zé)全面的檢察任務(wù)。其他國家的檢察官作為助理檢察官參加檢察工作，一般擔(dān)任與自己國家有關(guān)的檢察事務(wù)。
法庭由前述十一國派遣的法官、經(jīng)麥克阿瑟任命后組成。為避免給人以美國獨(dú)攬審判的指責(zé)，麥克阿瑟沒有任命美國人擔(dān)任法庭庭長，而是任命了澳大利亞法官——韋伯爵士為庭長。與檢察官的情況不同，法庭的法官地位是平等的。但庭長在審判程序、判決時(shí)出現(xiàn)正反票相等、及行政事務(wù)方面有一定的特權(quán)。
被告名單是由國際檢察局確定的。美軍占領(lǐng)日本后，分三批逮捕了118名戰(zhàn)爭嫌疑犯。其中包括東條英機(jī)、土肥原賢二、荒木貞夫、松岡洋右等要犯。國際檢察局的各國檢察官經(jīng)過反復(fù)討論，從上述嫌疑犯中確定了第一批28名被告名單，向法庭提起訴訟。為保證審判的公正，法庭憲章規(guī)定：給予被告充分的辯護(hù)權(quán)。據(jù)此，被告通過日本政府、或日本律師會聘請辯護(hù)律師，并組成了辯護(hù)團(tuán)。審判期間，先后有一百多名日美辯護(hù)人參加了辯護(hù)活動。
1946年4月29日，遠(yuǎn)東國際軍事法庭對東條英機(jī)等28名甲級戰(zhàn)犯正式起訴。1946年5月3日開始審判。首席檢察官——基南宣讀起訴書。起訴書控告荒木貞夫等28名被告犯有：共謀策劃、準(zhǔn)備、發(fā)動和實(shí)行侵略戰(zhàn)爭，及在戰(zhàn)爭中進(jìn)行大屠殺、和虐待俘虜?shù)?5項(xiàng)罪行。兩年半的審判中，先后開庭818次；法官內(nèi)部會議131次；出庭證人419人；779人提供書證、物證達(dá)4336件；審判英文記錄達(dá)48412頁；判決書長達(dá)1231頁。
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