1954年，以李光耀為首的受過歐美良好高等教育的中產(chǎn)階級成立了人民行動黨。1955年，新加坡舉行首屆選舉，李光耀順利當選為立法議員。之后，人民行動黨與新加坡勞工陣線組成聯(lián)合政府。1959年，新加坡自治邦成立，同年5月舉行第一次大選，李光耀率領的人民行動黨在51個立法議院議席中贏得43席。6月5日，新加坡自治邦首任政府宣誓就職，李光耀出任新加坡自治邦政府總理。
李光耀認識到，人口數(shù)量龐大的華人是新加坡的基石。他認真學習閩南話和客家話，執(zhí)政后還學習華語普通話。與他自己小時候接受英式教育不同，李光耀堅持讓自己的三個孩子從小在學校接受華文教育，在家講華語。
不過，李光耀一直希望能在更大層面來整合新加坡及馬來西亞的資源。1963年7月，李光耀在倫敦與馬來亞聯(lián)合邦政府達成協(xié)議，“新馬”正式合并。1964年，新加坡發(fā)生種族騷亂，李光耀政府指責馬來西亞與聯(lián)邦政府試圖推行“種族沙文主義”，企圖使馬來人在聯(lián)邦內(nèi)享有特殊的高等待遇，在幕后煽動在新加坡的馬來人反對新加坡自治邦政府。與此同時，馬來西亞高層也擔心華人會主宰馬來西亞。
雙方多次協(xié)商未果，馬來西亞執(zhí)政聯(lián)盟在國會緊急通過修改憲法，以126票贊成、0票反對的結果將新加坡驅逐出馬來西亞。1965年8月9日，李光耀含淚宣布新加坡脫離馬來西亞，成為一個有主權、民主和獨立的國家。同年12月22日，新加坡成為共和國，李光耀出任獨立之后的新加坡首任總理。
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